Мичуринский ГАУ является одним из лидеров в селекции слаборослых клоновых подвоев яблони для суперинтенсивных промышленных насаждений Селекционная работа в этом направлении начата ещё И.В. Мичуриным.
В Государственный реестр селекционных достижений, допущенных к использованию на территории РФ, внесено 24 клоновых подвоя яблони селекции Мичуринский ГАУ (что составляет 52% от общего количества клоновых подвоев в реестре, представленных 46 формами), на восемь из них получены патенты на селекционное достижение.
К наиболее распространенным подвоям вузовской селекции относятся среднерослый 54-118, полукарликовый 62-396 и карликовый Парадизка Будагоского – B9. Последний получен скрещиванием карликового подвоя М-8 с мичуринским сортом Красный штандарт. Его отличительной чертой является высокая морозостойкость. У этого подвоя хорошая совместимость с культурными сортами яблони. Плодовые деревья на данном подвое устойчивы к черному раку, корневым гнилям и бактериальному ожогу (карантинное заболевание).
По инициативе администрации Тамбовской области в регионе в 23 районных муниципалитетах заложены яблоневые сады площадью не менее 50 Га на подвоях селекции Мичуринского ГАУ. Научная составляющая в реализации данного проекта проводилась учеными-садоводами университета.
На территории Научно-образовательного центра им. В.И. Будаговского сотрудники вуза разместили маточник клоновых подвоев селекции Мичуринского ГАУ, коллекционный участок садовых культур, яблоневый сад с различными схемами посадки и формировками крон. К слову, одним из поставщиков саженцев на подвоях Мичуринского ГАУ в промышленном масштабе выступает АО Плодопитомник «Жердевский». Оно реализует до 400 000 саженцев в год.
Плодовые деревья на подвоях селекции университета выращиваются на всей территории Российской Федерации, а также в Голландии, Германии, Испании, Франции, Северной Америке и в других странах.